除了工程不配套和老化破损外，农民用水户协会推进困难的一个主要原因在于，启动这项工作的登记门槛高，登记注册困难，比如当前一些地方民政部门在对用水户协会注册中，要求农民用水户协会有独立的办公场所，有相当数量的注册资金等。用水户协会由于是农民自己的管水组织，独立的办公场所并不一定是其正常开展工作的必要条件，而且在实际运作中很多都是和村委会和党支部共用办公室办公。独立的办公场所在用水户协会组建和运作初期并不一定需要，这一要求使得很多组建起来的用水户协会无法注册。足够的资金对于用水户协会的运行有作用，但是由于农民会员收入低，很多协会在组建时还没有让农民看到协会运行的巨大作用，因此对于缴纳会费的积极性和承受力都比较低；很多村庄的集体经济薄弱，也不可能为用水户协会注入很多资金。这使得很多用水户协会在组建时并没有多少钱，民政部门提出的注册资金的要求又把很多用水户协会挡在了门外。此外，注册费用高影响了农民用水户的注册。

“两委会合一”限制了农民用水户协会自主能力的发展。“两委会合一”在现实中有一定的合理性，有利于协会的初期运行。但是，协会执委会和村委会的合一，也带来了一定的问题。一是协会的运行好坏仅仅取决于协会执委会主席、副主席的工作能力和责任心。如甘肃某灌区下的14个农民用水户协会只有两个协会的运行状况良好，能够按时交纳水费，无挪用水费现象，水事纠纷少。其主要是这两个协会的专职副主席具有很强的责任心，用村民的话来说，就是“腿勤、手勤、口勤”，也非常热爱管水。其他12个协会，和改革前一样，没有主动去科学配水、严格监督用水、主动处理水事纠纷和积极收取水费。因此，并不是建立了协会就能使村一级的水管工作取得明显改观。二是造成了协会执委会人员对水管部门的依赖。随着村民对用水水量、水价和水费关注程度的提高，协会工作人员的工作量和难度都较协会成立前有明显增加，但是，他们仍然只作为村组干部领取和过去一样的工资。领取同样的钱，却做更多的事，而且由于是水管部门牵头建起的协会，协会执委会人员就自然而然产生一种想法：当上专业的水管部门工作人员，由水管部门支付比村组干部工资更高和更具稳定性的工资。在他们的思想意识里，他们不是在替会员收取水费，而是在替水管部门收取水费，因为会员在他们当选为执委会成员和协会的工作中并没有起到什么实质性的作用，其工作好坏也得不到农民权威性的评估。许多协会执委会成员，尤其是在收取水费上工作量大的主席和副主席，向水管部门提出发工资或补贴的要求。如果没有达到要求，他们工作的积极性就会很大程度上受到影响。在具体操作中，很多灌区都从协会收取水费的总额中提取一定比例，作为对协会工作人员的报酬，这就是对执委会成员要求的一种不得已的顺应。这种顺应就使依赖成为一种制度性的存在，进一步加强了执委会成员的依赖心理。依赖水管部门而不依赖会员，其对会员的服务就不可能产生最根本的动力。

此外，农民用水户协会在运行中无法惩戒违规者也是一个问题。很多协会的专职副主席都反映，少数村民不合作，故意抵赖、拖交、欠交和拒交水费。这些行为容易引起其他农户的效仿，增加了整个协会灌溉时的成本。协会缺乏对少数不合作村民的惩戒能力。归结起来，构成实施各种惩戒困难的有两个共同方面，一是协会有无足够权威实施惩戒，二是协会能否解决农户不服甚至暴力抵抗的问题。协会是否有足够权威实施惩戒，除去和国家法律政策的冲突，实质是是否获得了会员的充分授权和赢得了多数会员的支持。现有协会的成立过程和运行效果不足以保证这一点。这是今后在农民用水户协会推进中需要注意的问题。