2012年1月12日，国务院以国发〔2012〕3号文件发布了《国务院关于实行最严格水资源管理制度的意见》，这是继2011年中央1号文件和中央水利工作会议明确要求实行最严格水资源管理制度以来，对实行该制度作出的全面部署和具体安排。

针对当前我国水资源面临的严峻形势，《意见》明确提出了实行最严格水资源管理制度的指导思想、基本原则、主要目标、管理措施和保障措施。《意见》全文约5000字，共分5个部分20条。

《意见》强调，要深入贯彻落实科学发展观，以水资源配置、节约和保护为重点，强化用水需求和用水过程管理，通过健全制度、落实责任、提高能力、强化监管，严格控制用水总量，全面提高用水效率，严格控制入河湖排污总量，加快节水型社会建设，促进水资源可持续利用和经济发展方式转变，推动经济社会发展与水资源水环境承载能力相协调，保障经济社会长期平稳较快发展。《意见》明确了实行最严格水资源管理制度的基本原则，强调要坚持以人为本、人水和谐、统筹兼顾、改革创新、因地制宜。

《意见》明确了主要目标：确立水资源开发利用控制红线，到2030年全国用水总量控制在7000亿立方米以内；确立用水效率控制红线，到2030年用水效率达到或接近世界先进水平，万元工业增加值用水量（以2000年不变价计）降低到40立方米以下，农田灌溉水有效利用系数提高到0.6以上；确立水功能区限制纳污红线，到2030年主要污染物入河湖总量控制在水功能区纳污能力范围之内，水功能区水质达标率提高到95%以上。为实现上述目标，《意见》还分别明确了到2015年和2020年的控制指标。

《意见》明确了实行最严格水资源管理制度的主要管理措施：一是加强水资源开发利用控制红线管理，严格实行用水总量控制。主要包括严格规划管理和水资源论证，严格控制流域和区域取用水总量，严格实施取水许可，严格水资源有偿使用，严格地下水管理和保护，强化水资源统一调度。二是加强用水效率控制红线管理，全面推进节水型社会建设。主要包括全面加强节约用水管理、强化用水定额管理、加快推进节水技术改造。三是加强水功能区限制纳污红线管理，严格控制入河湖排污总量。主要包括严格水功能区监督管理，加强饮用水水源保护，推进水生态系统保护与修复。

《意见》明确了实行最严格水资源管理制度的保障措施：建立水资源管理责任和考核制度，健全水资源监控体系，完善水资源管理体制，完善水资源管理投入机制，健全政策法规和社会监督机制。