在水利部的关怀支持下，新疆农田水利建设得到了长足发展并取得了显著效益。“十二五”时期，农业高效节水建设以每年超过300万亩的增速快速发展，五年完成农业高效节水灌溉面积1672万亩，超额完成了“十二五”规划目标任务，全区灌溉水利用系数由0.48提高到0.52。通过落实最严格水资源管理制度，加强创新农田水利综合改革，农田水利建设取得了较好的经济、社会和生态效益，我区在农田水利建设、管理与改革方面的采取的主要做法有：
一、不断强化农田水利项目建设管理
自治区高度重视农田水利规划和项目前期工作，于2009年全面完成《县级农田水利综合规划》的编制工作，并在全国率先完成县级规划在当地人民政府或人大的审批工作。“十二五”期间，各地按照国家及自治区农田水利项目管理办法要求，严格依据县级农田水利规划开展项目前期工作。在项目实施中执行工程“五制”要求，在北疆东疆等有条件的地区探索采用“先建后补”“以奖代补”、政府和社会资本合作（PPP）等新型建管方式开展农田水利设施建设，不断加强工程建设管理，强化指导监督，严格按照批准的建设方案组织实施，农田水利工程项目建设质量得到有效保证。
十二五”期间，不断加大农田水利建设资金筹措力度，依托中央财政小型农田水利重点县、规模化节水增效和牧区水利示范项目、自治区高效节水灌溉等项目的全面实施，新疆农田水利建设快速发展，五年完成投资达270.35亿元。自治区在农田水利工程项目前期、建设和管理中，加强制度建设，严格绩效考核，落实奖罚制度，实行全程监管，对项目县市农田水利实施的各个环节强化监督和检查，不断强化项目建设绩效考评和工程验收工作，考核结果与下一年度安排项目和资金规模挂钩。同时加大简政放权力度，精简办事程序、提高办事效率，及时出台、修订完善农田水利项目管理办法和规定，逐步下放审查审批权限，极大地激发了各地州的积极性和主动性，使农田水利项目建设管理工作得到进一步加强和规范。
二、努力推进农田水利综合改革
2005年自治区人民政府出台《新疆小型农村水利工程管理体制改革实施意见》，全面推进农田水利设施产权制度改革工作，在具备改革基础条件的地州先行先试，取得初步成效并在全疆进行逐步推广。为全方位深化农田水利综合改革，要求各地同步建立农业水价水权等体制机制，落实最严格的水资源管理制度，目前全疆“三条红线”分解工作已基本完成，为实现2020年用水总量控制目标，加快节水农业发展创造条件。通过健全完善基层水利服务体系，有效提升了基层水利服务和发展能力，已有22个县市全面完成基层水利服务体系建设任务。今年自治区对农田水利建设进行全面总结，在全疆具有代表性的县市开展农业高效节水示范区、现代化灌区建设，带动引领新疆“十三五”农田水利建设提质增效、转型升级。
2014年水利部、财政部下发《关于深化小型水利工程管理体制改革的指导意见》，自治区加大改革力度，将农田水利设施产权、落实最严格的水资源管理制度、农业水价综合改革纳入自治区“天山杯”竞赛评比，并加大分值权重，引起各地高度重视。同时选择条件较好的哈密市、呼图壁县全面开展农田水利设施产权、农业水权水价综合改革，形成了水权、水价、产权一体化综合改革的良好局面，目前两地改革成效显著，正在全面总结改革经验，为推进全疆改革工作提供有针对性和可操作性的方案依据。
近年来，自治区理清了90%以上水利工程产权主体关系，目前，农民用水协会和农户集体承包管理，成为我区农田水利产权制度改革的主流。新疆农田水利设施产权已划拨农民用水协会达到30%以上，归村集体、企业或个人所有占56.7%。
三、积极创新农田水利建设运行管护体制机制
“十二五”期间，自治区不断强化农田水利建设运行管护制度建设，积极筹措落实运行管护资金，农田水利建设运行管护体制机制得到不断完善，工程管理模式由农户、用水者协会发展到合作社、公司化管理模式等全方位发展，各地由政府、用水组织、农户和新型农业经营主体共同承担的工程管护模式格局已基本形成：一是政府管理模式，如水管站、供水站管护；二是用水组织管理模式，农民用水者协会、村集体、专业合作社、受益者联户共管；三是市场管理模式：灌溉服务公司、水务公司、企业或个人独立运行；四是混合管理模式，“国有水管单位+农民用水协会+农户”“供水总站或水管总站+农民用水协会”“供水总站+公司”。通过上述管护模式的有效运用，有效提升了我区农田水利设施的管护水平。
近年来，自治区积极探索和推进新型农田水利建设管理模式，鼓励各地以“先建后补”“以奖代补”的方式开展农田水利设施建设，推进企业化、公司化、政府和社会资本合作（PPP）等新型建管模式的发展，以新疆天业节水灌溉公司为主的本土大型国有企业，不仅在新疆参与农业水权水价综合改革项目，建设高效节水农业示范基地，开展了农业初始水权等级、差异化水价、水资源费征收等试点工作，同时作为第二大股东参股积极参与云南建设高效节水减排工程PPP项目，参与了云南省曲靖市陆良县大莫古镇创新机制试点项目，为当地农田水利建设从农艺栽培、工程规划设计到施工和运行管理提供“一站式”服务，取得了良好的成效，为新疆各地加快推行PPP等新型农田水利建管理模式，发展农业规模化经营和促进土地流转，推进现代化灌区建设提供了可借鉴的模式和经验。
