与其他发达国家不同，日本农业用水所占比重较大，为全年总用水量的２／３。这一点从灌溉专用水库所占比例即可窥见一斑，日本共有大坝２７００座，其中专门用于农业灌溉的占半数以上，为１５９５座，日本农业的用水量每年维持在６００亿ｍ３左右。
日本农业水权的分类
日本农业水权有两种，一种是河川法实施前已存在的习惯水权，日本称之为“惯行水权”，它是在长期的农业生产过程中形成的一种用水秩序，已得到了社会的承认。河流、池塘以及小溪等只要有水的地方就有习惯水权，但是１８９６年颁布的日本有史以来第一部河川法仅对河流取水的这种用水习惯赋予了法律地位，并在１９６４年修订的新河川法中将此视为已获得许可，从而等同于另一种水权——“许可水权”。现行的河川法规定，新增的农业取水需得到河流管理者的认可，并根据河川法办理相关手续，这就是“许可水权”。目前习惯水权因坝工建设、农业取水设施的合并或废弃，渠道改建等转为许可水权，因此截至１９９９年，现存的习惯水权仅占日本总灌溉面积的３０％，特别是灌溉面积在１００ｈｍ２以上的大型灌区基本为许可水权。日本农业水权的现状见表１。
农业水权水量的计算
日本农业用水水量的计算要历经两个阶段，首先要调查包括农田耗水量在内的详细基础数据，在此基础上，再确定河水的取水量，这就是所谓的农业水权水量。
首先，要掌握各土地改良区（一种参与式灌溉管理的组织）农田的需水总量，这是由农田土壤渗透量、不同作物蒸发量以及农田面积决定的，须经详细的实地调查方能得出。其公式为：
需水总量＝（农田渗透量＋农田和农作物的蒸发量）×农田面积＋水渠损失。
其次，确定河水取水量，从需水总量中减去降水以及从辖区内水源等可获得的水量，包括回流到河中的水量或蓄水池中的蓄水量等。需要说明的是，最大取水量的时间随季节变化也相应发生变化。
最后，根据上述计算的需水总量和河水取水量即可得出农业水权的水量。但是如上所述，农业用水的需水量（如最大引水量的取水期）随气候发生变化，为此确定农业水权时也就将一年分为３～４个时段，根据各时段河流取水量的最大值和一年中均可引水的总量来计算。水权的水量以１０年一遇标准年份的河流流量为基础，再考虑调查获得的下游其他用水户的取水等因素，确定一个稳定的取水值。如不能保障稳定的引水，则需要新建水利设施以满足农业用水的需要。
农业水权转让的形式
日本主管农业用水的政府机构——农林水产省为有效利用水资源，在确保农业用水的同时，与地方有关方面积极进行协商、协调，采取以下三种方式使农业用水向更高效的用水转移。
不增加水利设施的水权转让
一般而言，农业用水水权每十年更新一次。十年间农田面积、农田耗水量，以及辖区内可获得的水源水量（河流流量和蓄水池水量）等均可能发生变化。为此，每十年需进行再调查以计算河流的可引用水量。如果可引用水量减少，水权的水量也相应减少，河流管理者对减少的农业水权水量部分进行再分配。目前日本全国通过减少农业水权水量而向城市用水的水权转让量为３３ｍ３／ｓ，若按每人每天平均用水量３２２Ｌ计算，折合８９０万人的生活用水量。
修建水利设施的水权转让
随着城市化的发展，农田面积在不断减小，农业需水总量呈降低趋势，但是如果相应地减少农业用水量势必造成农用水渠水位降低，田间配水不能顺利进行。因此，有时还不能简单地直接减少河流中的引用水量。在此类地区，须施以改建水渠（如缩小水渠断面来抬高水位）、输水管道化、修建闸门、加强水管理体系建设等措施促成转让水的产生。目前通过上述措施向城市用水转让的水量为１０ｍ３／ｓ，相当于２７０万人的生活用水量。
农田水利设施的有效利用
在不影响农业生产的前提下，可以考虑水力发电、城市用水与农业用水共用已建的农用水库、堰和水渠等水利设施。水力发电和城市用水可按农田水利设施的利用程度承担相应的建设费用和运行管理费用。
水权转让的费用问题
在日本，水权指水的使用权，而非所有权。水的使用和水的所有在结果上或许相同，但这只不过是水权的效果而已，并没有改变使用“水权拥有的水的权利”这一本质。正是因为水权不包括所有权，所以与此相关的处置权和收益权等也就无从谈起，水权转让也就不会存在获利的问题。因种种原因富裕出的水进行水权转让时，应无偿返还给国家。但是河川法也同时规定，新增用水使原水权方蒙受损失时，须由获许可的一方补偿损失，如城市部门可以通过向灌溉设施改进工程提供部分投资，利用工程实施后所节省出的水资源，实现水权转让等。目前日本有人对无偿返还水权问题提出了质疑，对大井川水权转让中收取一定金额的费用持支持态度。
农业水权的转让量
近年来，随着经济社会的发展，农业现代化水平越来越高，农田水利设施不断得以改善，加之耕地的减少，农业用水转用的案例增多。据统计，在１９６５～２００３年的近４０年间，日本仅中央政府管理的一级河流中农业水权的转让就达１６０起，平均转让水量６４ｍ３／ｓ。日本历年农业水权转让水量的变化情况见图１。
从图１可以看出，日本农业水权转让量逐年增加，其中转做生活用水的水权量所占比重较大，占各期总水权转让量的一半以上。２０世纪８０年代中期以来，转做工业用水的农业水权量保持稳定。
