中国灌溉排水发展中心成立于1985年7月，组织机构沿革演变过程共分四个阶段：

一、中国喷灌技术开发公司时期（1985.7-1987.6）

1985年7月9日，原水利电力部党组研究决定，成立中国喷灌技术开发公司，公司属企业单位，地师级待遇。主要承担有关喷灌（包括工程和产品深加工等）的可行性调查和规划设计的咨询，承包喷灌项目的勘测设计和施工。管理国家喷灌贴息贷款项目，并为项目提供设备和代培运行管理人员；组织科研和设备检测、研制；引进国外新技术和新设备；兼营滴灌设备等业务，为推广喷灌技术，发展节水型农业，缓解水资源紧缺提供了有力支撑。

二、中国灌排技术开发公司时期（1987.6—1999.8）

随着业务发展，中国喷灌技术开发公司于1987年6月更名为中国灌排技术开发公司。受水利部委托公司主要承担节水灌溉专项贴息贷款项目的组织和实施、全国大型灌区续建配套和灌溉试点项目的管理、节水增产重点县及高标准节水增效项目管理、开展技术示范、培训和推广工作。经过十几年的发展，为促进我国现代节水农业发展发挥了重要作用。

在此期间有3次机构变化：一是1997年1月，水利部明确中国灌溉排水技术开发培训中心（成立于1994年10月，其主要负责人为灌排公司领导班子成员）为灌排公司二级机构（人组[1997]03号）。二是1997年7月，水利部成立节水灌溉示范基地，批复“基地”为灌排公司二级机构（水人教[1997]273号），其人员编制由中国灌排技术开发公司内部调剂解决。三是1997年12月，水利部发文原直属于水利部的润华农水实业开发公司成建制划转灌排公司（水人教[1997]539号）。

三、中国灌排技术开发培训中心更名并升格为正局级单位时期（1999.8—2000.2）

1999年7月，水利部按照中央关于党政机关与所办经济实体脱钩的要求，解除了与中国灌排技术开发公司的行政隶属关系，将中国灌排技术开发培训中心升格为正局级单位，更名为中国灌溉排水发展中心（水人教[2000]57号），并将灌排公司划转为中国灌溉排水发展中心二级单位。

四、中国灌溉排水发展中心（水利部农村饮水安全中心）时期（2000.2—至今）

2000年5月水利部批复中国灌溉排水发展中心“三定”方案（人教劳[2000]30号），明确了中心职责、机构和人员编制，将原隶属于科技推广中心的农业综合开发办公室成建制划转到中国灌溉排水发展中心。下属中国灌排技术开发公司、水利部节水灌溉示范基地、乡镇供水部（中冠供水开发有限公司）和农村水利设计研究所4个单位。受水利部委托，承担农村水利有关规划、技术规范编制以及重点项目的具体管理工作，负责灌溉排水技术开发、推广、培训、工程项目咨询评估，为全国灌溉排水、乡镇供水、农业综合开发水利建设提供技术支撑和服务。经过多年的奋斗和发展，中国灌溉排水发展中心已成为国内唯一从规划编制、工程设计施工、可研、工程咨询评估，到工程项目管理、农村水利培训、农村水利工程监理等全面服务新时期农村水利的事业单位。

在此期间有2次机构变化：一是2004年3月，水利部发文将中国灌溉排水发展中心下属中国灌排技术开发公司成建制划转水利部综合事业局，灌排公司下属润华农水实业开发公司仍留由中心管理（水人教[2004]50号）。二是2006年12月，水利部发文中心增挂了“水利部农村饮水安全中心”的牌子（水人教[2006]40号），实行两个机构、一套人马。承担农村饮水安全有关规划、标准的制定；工程项目评估与咨询；技术推广、培训、宣传，以及项目管理和技术服务等工作。