2011年6月至10月，新疆自治区审计厅对南疆地区阿克苏、克州、喀什、和田等4个地（州）的5个县（市）2008-2010年度南疆地下水开发机电井建设资金管理使用及项目实施效果情况进行了审计。审计结果表明，新疆自治区设立南疆地下水开发机电井建设补助资金，实施南疆地下水开发机电井建设工作取得明显成效。

2008-2010年，南疆五地州在各级党委和人民政府的领导下，利用地下水开发机电井建设补助资金7.53亿元，完成新建机电井4464眼，改造已有机电井1129眼，新建监测井273眼的建设任务。项目建设改善了南疆地区农牧业生产薄弱的基础设施，促进了经济发展，提高了农牧民收入和生活水平，对加强边疆地区的政治稳定、安定团结，起到积极地推动作用。一是提高了农业灌溉保障能力。长期以来，南疆特殊的自然地理条件造成该地区干旱缺水、水资源分布不均，农业用水高峰时，河道来水少，农业用水矛盾突出。通过该项目的实施，使农业用水不受时间和气候限制，大大提高了灌溉保障能力，有效缓解了灌区季节性缺水矛盾。保证了2009年大旱之年不减产，对维护社会安定、农业发展发挥了积极作用。二是推动农业灌溉方式改变。通过开井提水，有效促进供水方式转变，使农业灌溉用水由河水为主向井水与河水相结合转变。由单一的水资源管理模式转为地表水、地下水“两水统管、两水同价、统一维修”的新模式，为推动科学开发、合理配置、高效利用水资源，起到了积极作用。三是为改造中低产田工程提供了条件。项目建设沿着总干、干、支渠附近打机电井，在抽取浅层地下水的同时，有效降低了灌区地下水位，使灌区土壤次生盐渍化得到有效遏制，实现了盐碱地的改良，改善了农作物生长条件。科学合理开采地下水，减少了地表水的用水量，缓解了生态用水的矛盾。四是提高农牧民节水意识，增加了农牧民收入。通过该项目的实施有力保证了粮食作物、林果业多熟制的灌溉用水，增加了耕地复播面积，同时增加了农民收入，农民得到了实惠。该项目完工后,均由项目区农民用水协会进行管理，进一步密切了干群关系，提高了农户自主管理、合理调配的用水意识，有效解决了用水高峰期农民之间发生的用水纠纷，促进了农村和谐社会建设。

2012年2月-6月，自治区水利厅根据审计工作结果，又开展了审计核查整改工作，特别是要求没有审计到的县（市）要对照分析，全面开展自查自纠工作。目前，核查整改工作已全面完成，得到自治区领导的充分肯定。为加强地下水开发利用机电井建设管理工作，新疆自治区水利厅提出下一步工作重点。一是严格执行基本建设及固定资产管理规定，抓紧做好竣工决算审计和工程竣工验收工作，及时办理固定资产移交手续并明晰产权归属，防止出现固定资产权属不清和流失等问题。二是进一步完善机电井管护制度，加强管护人员的培训，落实管护主体，提高管护能力。按设计和运行管理办法，定期对水泵、配电设备，输变电线路进行保养，保证设备正常运行，发挥机电井对农业生产发展的保障作用。三是加强地表水和地下水联合调度，重点推广以地表水为供水水源的节水灌溉模式，不断加强地下水资源管理，进一步发挥现有机电井效益。自2012年起，自治区将不再实施以农业灌溉为目的的规模化地下水开发利用工程。四是严格按照现行水资源管理制度的要求切实做好有关工作。巴州应严格控制新建机电井，逐步减少地下水开采量；喀什地区不再增加机电井数量，正常年份应限制地下水开采规模；阿克苏地区要充分发挥现有机电井的使用效率；和田地区要提高机电井的供水能力；克州要结合特色林果业、设施农业的发展需要，提高地下水使用效率。五是规范地下水取水管理。在机电井上积极推进依法安装符合国家技术标准要求的计量设施。对计量设施定期检测，以保证计量设施的正常使用和值量的准确、可靠。六是建立健全地下水动态监测站网，南疆各地已建监测井要认真做好监测站的配套、系统维护和监测工作。